Koronavirüsler, Coronavirinae alt familyasına ait, zarflı, pozitif tek zincirli RNA virüsleridir, genom büyüklükleri ise 26-32 kilobaz çifti arasındadır.
Koronavirüsler, patojenite özelliklerine göre düşük ve yüksek patojenite olarak ile iki gruba ayrılmaktadır. Düşük patojenite özellikleri olan koronavirüsler, 229E, HKU1, OC43 ve NL63 tipleri hafif semptomları olan solunum hastalıklarına sebep olmaktadırlar.
SARS-CoV ve MERS-CoV ise yüksek patojenite özelliğine sahiptir. 2002 Kasım ayında, SARS-CoV Güney Çin’de ortaya çıkmıştır ve 2003 Haziran ayına kadar 8096 insan enfekte olmuş ve 774 kişi ölmüştür, bu virüsün ölüm oranı %9.6’da olarak belirlenmiştir.
MERS-CoV salgını Suudi Arabistan’da ortaya çıkmıştır, özellikle develer ve yarasalar virüsün konakçısı olarak görülmüştür ve salgından 27 farklı ülke etkilenmiştir. Toplamda 2496 insan enfekte olmuş ve 858 kişi ölmüştür, bu virüs ise %34.4 ölüm oranına sahiptir.
2019 yılının Aralık ayında Çin’in Wuhan, Hubei bölgesinde yeni korona virüsü ortaya çıkmıştır ve SARS-CoV-2 olarak adlandırılmıştır. Epidemik olarak sınırlı kalmayan salgın, Dünya Sağlık Örgütü tarafından Pandemi olarak ilan edilmiştir. Günümüze kadar 500 bin insan bu virüs tarafından enfekte olmuştur, ölüm oranları ise ülkelere göre değişiklik göstermektedir.
SARS-CoV-2 hakkında moleküler ve biyoinformatik bilgiler bir sonraki yazıda verilecektir. Bu yazıda, virüs hakkında paylaşılan makalelerin ve raporların yayımlandığı veri tabanları ve takip edilmesi gereken önemli gelişmeleri içeren kaynaklar verilecektir.
” BioRxiv – COVID-19 SARS-CoV-2 preprints from medRxiv and bioRxiv ” platformunda SARS-CoV-2 hakkında çıkan en son makaleleri takip edebilirsiniz. Yayımlanan makaleler hakemli dergilerdeki gibi bir bilimsel otorite tarafından gözden geçirilmediğini için bilimsel geçerlilikleri kanıtlanmamıştır.
Dünya Sağlık Örgütü, hergün koronavirüsü pandemisi hakkında durum raporları vermektedir. Dünya çapında ve ülkelerin özelinde enfekte insan sayısını ve diğer bilgileri, takip edebilirsiniz. Yeni Koronavirüs 2019/ Durum Raporları
Yeni koronavirüs mutasyonlarla değişikliklere uğramakta ve bölgesel olarak bu değişiklikler takip edilmektedir. Nextstrain.org/ncov sitesinden takip edebilirsiniz. Bu site hakkında ayrıntılı açıklama yapılacaktır.
Protein Data Bankasında, koronavirüse ait proteinlerin ve proteazların üç boyutlu modelleri bulunmaktadır. Biyoinformatik ve özellikle hesaplamalı biyolojide kullanılabilecek 3D formatlar siteye eklenmiştir. PDB koronavirus.
Yeni veri tabanlarının ve kaynakların eklenmesi devam edecektir.
Kaynaklar:
Fehr AR, Perlman S. Coronaviruses: an overview of their replication and pathogenesis. Methods Mol Biol 2015;1282:1–23.
Li G, Fan Y, Lai Y, et al. Coronavirus infections and immune responses. J Med Virol 020;92:424–32
Cui J, Li F, Shi Z-L. Origin and evolution of pathogenic coronaviruses. Nat Rev Microbiol 2019;17:181–92.
Bioinforange platformu kurucusu.
Doktora öğrencisi, Sabancı Üniversitesi – SUNUM.
Biyoteknoloji, Gen Mühendisliği, Biyoinformatik.