İletişim

İletişim için Mail Gönderebilirsiniz

Mesaj gönderimini

Mehmet Çalıseki

Mehmet Çalıseki

Bioinforange Kurucusu

Özgeçmiş (CV) için tıklayınız.

İşbirlikleri ve destek için sosyal medya hesapları üzerinden de iletişime geçebilirsiniz.

Son Paylaşılan İçeriklerimiz

Kuş Ötüşlerinin Küresel Haritası Çıkarıldı: 3.000’den Fazla Tür 8 Temel Motifle Açıklanıyor

Kuş Ötüşlerinin Küresel Haritası Çıkarıldı: 3.000’den Fazla Tür 8 Temel Motifle Açıklanıyor

Akustik iletişim, hayvan davranışlarının temel bileşenlerinden biri olup bireyler arasındaki sosyal etkileşimlerde ve hayatta kalma ile üremeye ilişkin süreçlerde önemli rol oynamaktadır. Özellikle ötücü kuşlar (Passeriformes), dünya üzerindeki kuş türlerinin büyük bölümünü oluşturmakta ve dikkat çekici bir ses çeşitliliği sergilemektedir. Bununla birlikte, bu küresel çeşitliliğin hangi temel ilkeler doğrultusunda şekillendiği uzun süredir net biçimde ortaya konulamamıştır. Araştırmacılar, kuş şarkılarındaki akustik çeşitliliğin çevresel koşullar ve tür özellikleriyle nasıl ilişkilendiğini inceleyerek bu alandaki boşluğu doldurmayı amaçlamıştır.
Çalışmanın temel amacı, dünya genelindeki ötücü kuş şarkılarının ortak bir akustik çerçeve içerisinde açıklanıp açıklanamayacağını belirlemektir. Araştırmacılar, kuş seslerinin yalnızca perde veya frekans aralığı gibi basit ölçütlerle değerlendirilmesinin, şarkıların içerdiği bilgi zenginliğini yeterince yansıtmadığını belirtmektedir. Bu nedenle çalışma, kuş şarkılarının taşıdığı bilgiyi oluşturan karmaşık spektro-zamansal (frekans ve zaman boyunca değişen ses örüntüleri) yapıların küresel ölçekte nasıl dağıldığını ve hangi çevresel etkenlerle ilişkili olduğunu araştırmıştır.
Araştırma kapsamında 3160 ötücü kuş türünden elde edilen 116.792 şarkı parçası analiz edilmiştir. Şarkılar, modülasyon güç spektrumu (ses enerjisinin zaman ve frekanstaki değişimlerini ölçen analiz yöntemi) kullanılarak karakterize edilmiş ve 37 boyutlu bir akustik uzayda değerlendirilmiştir. Denetimsiz sınıflandırma yöntemleri sonucunda kuş şarkılarının sekiz temel akustik motif etrafında kümelendiği belirlenmiştir. Bu motifler arasında farklı hızlardaki trilller (ardışık hızlı nota tekrarları), çeşitli ıslık tipleri, harmonik yığınlar ve kaotik notalar yer almaktadır. Araştırmacılar ayrıca bu motiflerin kullanımını türlerin evrimsel geçmişi, morfolojik özellikleri, sosyal organizasyonları ve çiftleşme sistemleriyle ilişkilendirmiştir.
Elde edilen bulgular, küresel kuş şarkısı çeşitliliğinin sekiz temel akustik motif tarafından yapılandırıldığını göstermektedir. Türlerin büyük bölümü şarkılarında birden fazla motifi bir araya getirse de çoğu tür baskın olarak belirli bir motifi kullanmaktadır. Tropikal yağmur ormanlarında düz ıslıklar ve yavaş trilller gibi yapısal olarak daha basit motiflerin beklenenden daha yaygın olduğu görülmüştür. Buna karşılık, ılıman bölgelerde hızlı modülasyonlu ıslıklar ve çok hızlı trilller gibi daha karmaşık motifler daha sık gözlenmiştir. Çalışma ayrıca nem, sıcaklık ve bitki örtüsü yapısının ses iletim verimliliğini etkilediğini; yoğun bitki örtüsüne sahip bölgelerde uzun mesafeli bilgi aktarımına daha dayanıklı motiflerin tercih edildiğini ortaya koymaktadır.

Sonuçlar, ötücü kuşların küresel ölçekteki olağanüstü şarkı çeşitliliğinin, sınırsız sayıda bağımsız akustik özelliğin değil, sınırlı sayıdaki temel motifin farklı kombinasyonlarının ürünü olduğunu göstermektedir. Bu motiflerin dağılımı ise türlerin evrimsel geçmişi ve biyolojik özelliklerinin yanı sıra sesin farklı habitatlarda yayılma biçimi tarafından şekillendirilmektedir. Çalışma böylece, akustik iletişimin biyolojik çeşitlilik ve çevresel koşullarla nasıl birlikte evrildiğini açıklamak için küresel ölçekte uygulanabilecek bir çerçeve sunmaktadır.
Yazar: Özsu Deniz BALKAYA
Editör: Asmin PETEKBAŞI

Referans: Bacquelé, Q., Barnagaud, J.-Y., Violle, C., Theunissen, F. E., & Mathevon, N. (2026). The global biogeography of passerine songs. Science. https://doi.org/10.1126/science.aee6239

-Bioinforange Bilimsel Haber Servisi-
Haber Yazıları, 20> Etki Faktörlü Q1 dergilerinde yayınlanan (listesi için tıklayınız)
bilimsel araştırmaların ekip arkadaşlarımız tarafından incelenip derlenmesi ile hazırlanmaktadır.

Peptit Tasarımında Bağlanma Tek Başına Yeterli Değil: PeptiVerse, 7 Terapötik Özelliği Tek Platformda Değerlendiriyor

Peptit Tasarımında Bağlanma Tek Başına Yeterli Değil: PeptiVerse, 7 Terapötik Özelliği Tek Platformda Değerlendiriyor

Terapötik peptitler, küçük moleküller ile antikorlar arasında yer alan biyolojik ilaç adayları olarak son yıllarda giderek daha fazla ilgi görmektedir. Geniş protein etkileşim yüzeylerini hedefleyebilmeleri, düşük immünojenisite (bağışıklık sistemini istenmeyen şekilde uyarma olasılığı) ve antikorlara kıyasla daha düşük üretim karmaşıklığı gibi avantajları sayesinde geniş bir terapötik hedef yelpazesi için aday oluşturmaktadır. Ancak bir peptidin yalnızca hedef proteine bağlanabilmesi yeterli olmamakta; çözünürlük, hücre zarından geçebilme, toksisite (zararlı etki oluşturma potansiyeli), hemolitik aktivite (eritrositleri parçalama eğilimi) ve dolaşımdaki yarı ömrü gibi çok sayıda özelliğin de birlikte değerlendirilmesi gerekmektedir. Kimyasal olarak değiştirilmiş peptitlerin kullanımının artmasına rağmen, bu özellikleri hem doğal hem de modifiye peptitler için tek platform üzerinden değerlendirebilen kapsamlı bir hesaplamalı sistem bulunmamaktaydı.
Bu gereksinim doğrultusunda araştırmacılar, terapötik peptitlerin geliştirilebilirlik özelliklerini tek bir çatı altında analiz etmek amacıyla PeptiVerse adlı yeni bir platform geliştirmiştir. Çalışmanın amacı, amino asit dizileri ile birlikte kimyasal olarak modifiye edilmiş peptitlerin SMILES (moleküllerin kimyasal yapısını metin biçiminde gösteren gösterim sistemi) temsillerini kullanarak farklı biyofiziksel ve farmasötik özellikleri yüksek doğrulukla tahmin edebilen evrensel bir platform oluşturmaktır. Böylece araştırmacılar, erken ilaç geliştirme aşamalarında çok sayıda peptit adayını deneysel çalışmalara geçmeden önce sistematik olarak değerlendirebilmeyi hedeflemiştir.
PeptiVerse, protein dil modelleri (protein dizilerindeki biyolojik örüntüleri öğrenen yapay zekâ modelleri) ile kimyasal dil modellerini bir araya getirerek hem amino asit dizilerini hem de SMILES temelli peptitleri analiz edebilmektedir. Araştırmacılar hemoliz, çözünürlük, toksisite, hücre geçirgenliği, yarı ömür ve protein bağlanma afinitesi (bir peptidin hedef proteine bağlanma gücü) gibi özelliklere ait deneysel veri kümelerini bir araya getirmiş; ardından XGBoost, destek vektör makineleri (SVM), yapay sinir ağları ve Transformer tabanlı modeller dâhil farklı makine öğrenmesi yaklaşımlarını karşılaştırmıştır. PeptiVerse, her özellik ve temsil için en yüksek performansı sağlayan modeli belirleyecek şekilde tasarlanmıştır.
Elde edilen sonuçlar, PeptiVerse’in hem amino asit dizileri hem de kimyasal olarak modifiye edilmiş peptitler üzerinde birçok tahmin görevinde mevcut yöntemlerle rekabetçi veya daha yüksek performans sergilediğini göstermektedir. Platform, hücre geçirgenliği tahmininde F1 skorunu 0,929’a, çözünürlük tahmininde ise 0,744’e ulaştırmıştır. Protein-peptit bağlanma afinitesi tahminlerinde deneysel ölçümlerle anlamlı düzeyde uyum gösterirken, yapısal modelleme güven skorlarının bağlanma gücünü tek başına güvenilir biçimde yansıtmadığını da ortaya koymuştur. Ayrıca araştırmacılar, PeptiVerse’i araştırmacıların doğrudan kullanabileceği bir web arayüzü ve açık kaynaklı uygulama olarak erişime sunmuştur.

Araştırmacılara göre PeptiVerse, terapötik peptit geliştirme sürecinde yalnızca mevcut adayların değerlendirilmesini değil, aynı zamanda yapay zekâ destekli üretici tasarım (generative design) yaklaşımlarının yönlendirilmesini de destekleyebilecek modüler bir altyapı sunmaktadır. Platformun yeni veri kümeleri ve gelişmiş temsil modelleriyle düzenli olarak güncellenmesi planlanırken, açık ve genişletilebilir kaynaklı yapısı sayesinde peptit keşfi ve optimizasyonuna yönelik farklı hesaplamalı iş akışlarına entegre edilebileceği belirtilmektedir.

Yazar: Asmin Petekbaşı
Editör: Özsu Deniz BALKAYA

Referans: Zhang, Y., Tang, S., Chen, T., Mahood, E., Vincoff, S., & Chatterjee, P. (2026). PeptiVerse: A unified platform for therapeutic peptide property prediction. Nature Communications, 17, Article 6819. https://doi.org/10.1038/s41467-026-74167-w

-Bioinforange Bilimsel Haber Servisi-

Haber Yazıları, 20> Etki Faktörlü Q1 dergilerinde yayınlanan (listesi için tıklayınız)
bilimsel araştırmaların ekip arkadaşlarımız tarafından incelenip derlenmesi ile hazırlanmaktadır.

İnsan ASIC1a Kanalında Yeni Dönem: Kriyo-EM ile Çoklu pH Koşullarında Yapısal Çeşitlilik Haritası

İnsan ASIC1a Kanalında Yeni Dönem: Kriyo-EM ile Çoklu pH Koşullarında Yapısal Çeşitlilik Haritası

Asit algılayıcı iyon kanalları (ASIC’ler), epitelyal sodyum kanalı (ENaC) ve dejenerin iyon kanalı ailesinin bir üyesi olarak merkezi ve periferik sinir sisteminde yaygın olarak ifade edilen trimerik proton kapılı sodyum kanalları olarak işlev görmektedir. Bu kanallar, pH seviyesindeki değişikliklere bağlı olarak dinlenme halindeki kapalı, aktif açık ve duyarsızlaşmış kapalı durumlar arasında geçiş yapabilmektedir. Gözenek yapısının ağırlıklı olarak sodyum ve potasyuma, aynı zamanda kalsiyuma geçirgen olması, iskemik inme sırasında asidozla ilişkili beyin hasarında sodyum ve kalsiyum girişinin klinik bir öneme sahip olduğunudüşündürmektedir. Ayrıca bu kanalların farmakolojik olarak modüle edilme potansiyeli, çeşitli toksinlerle yapılan çalışmalar sayesinde daha iyi anlaşılmaktadır.ASIC kanallarının fizyolojik işlevlerinin ve farmakolojik ajanların modülatör potansiyelinin tam olarak anlaşılması, kanalların farklı evrelerindeki konformasyonel çeşitliliğinin haritalandırılmasını gerektirmektedir. Ancak, önceki yapısal çalışmaların çoğunlukla tavuk ASIC1 kanalları üzerinde gerçekleştirilmiş olması, elde edilen verilerin insan ASIC1a yapısına tam olarak uyarlanıp uyarlanamayacağı konusunda önemli bir bilgi eksikliği yaratmaktaydı. Özellikle protonlarla aktive edilen kanallar ile spesifik bir toksin (MitTx) tarafından aktive edilen kanallar arasındaki açılma mekanizmalarının ve ortaya çıkan açık durum konformasyonlarının farklı olup olmadığı net olarak bilinmemektedir. Bu çalışmada, insan ASIC1a kanalının kapalı, toksinle aktive edilmiş ve protonla aktive edilmiş durumlarındaki yapısal çeşitliliğinin çoklu pH koşulları altında karakterize edilmesi amaçlanmaktadır.
Araştırma kapsamında, insan ASIC1a kanalının konformasyonel yapısı, tek parçacıklı kriyoelektron mikroskopi (kriyo-EM; biyolojik moleküllerin dondurularak yüksek çözünürlüklü incelenmesini sağlayan görüntüleme yöntemi) kullanılarak pH 5,7 ile 8,5 arasında değişen dört farklı pH koşulunda incelenmiştir. Tam uzunluktaki kanal proteini, HEK293S hücre hatlarında ifade edilmiş ve saflaştırılarak yapısal analizlere tabi tutulmuştur.Deneylerde, geniş pH aralığında etkin tamponlama sağlayan sodyum fosfat tampon sistemi kullanılmıştır. Elde edilen yüksek çözünürlüklü yapısal modeller, tüm hücre yama kelepçesi elektrofizyolojisi (hücre zarındaki iyon akımlarının ölçüldüğü teknik) ve voltaj kelepçeli florometri (VCF; proteinlerdeki yapısal değişiklikleri izleyen optik yöntem) gibi işlevsel deneylerle doğrudan desteklenmiştir.
Yapılan analizler sonucunda, insan ASIC1a kanalının dört farklı transmembran mimarisine (TMD; hücre zarını geçen bölge) sahip altı farklı konformasyon ve bunlara karşılık gelen dört farklı transmembran bölge düzeni tanımlanmıştır. Hücre dışı alanda (ECD), kapalıdan açık ve duyarsızlaşmış durumlara doğru üç aşamalı bir yapısal ilerleme gözlemlenirken, transmembran alanının duyarsızlaşmış ECD ile ilişkili üç farklı konfigürasyon dahil olmak üzere yüksek bir yapısal çeşitlilik sunduğu ortaya konmaktadır. Ayrıca, kanalın MitTx toksini ile kompleks hâlindeki yapısı incelendiğinde, toksin kaynaklı açık durum konformasyonunun proton kaynaklı açık duruma büyük ölçüde benzemesine rağmen, kanalı aktive etme mekanizmalarının birbirinden temel düzeyde farklı olduğu tespit edilmiştir. Elde edilen bu bulgular, kanalın fonksiyonel durumları boyunca beklenmedik derecede içsel esnekliğe sahip olduğunu göstermektedir.
Bu çalışma, uzun zamandır tam olarak aydınlatılamayan ASIC kapılanma mekanizmalarının yapısal temellerini anlamak için kapsamlı ve yeni bir çerçeve sunmaktadır. İnsan ASIC1a kanalının güçlü bir uyarıcı yokluğunda bile birden fazla konformasyon benimseyebildiğinin gösterilmesi, duruma bağlı olarak çalışan modülatörlerin kanalı nasıl etkilediğine dair önemli mekanistik kanıtlar sağlamaktadır. Ortaya konan bu konformasyonel esneklik ve benzersiz yapısal çeşitlilik haritasının, gelecekte sinir sistemindeki ASIC’leri hedefleyen yeni terapötik stratejilerin geliştirilmesine katkı sağlamaktadır.
Yazar: Eyüp Oğulcan Üşümüş
Editör: Damla Özdemir

Referans: Cahill, J., Hartfield, K. A., Heusser, S. A., Ritter, N., Poulsen, M. H., Yoshioka, C., Pless, S. A., & Baconguis, I. (2026). Conformational plasticity of human acid-sensing ion channel 1a. Nature Structural & Molecular Biology. https://doi.org/10.1038/s41594-026-01845-0
-Bioinforange Bilimsel Haber Servisi-
Haber Yazıları, 20> Etki Faktörlü Q1 dergilerinde yayınlanan (listesi için tıklayınız)
bilimsel araştırmaların ekip arkadaşlarımız tarafından incelenip derlenmesi ile hazırlanmaktadır.

Biyokompozitler: Biyomedikal Uygulamalarda Güncel Yaklaşımlar

Biyokompozitler: Biyomedikal Uygulamalarda Güncel Yaklaşımlar

Biyokompozitler, sürdürülebilir malzeme yaklaşımı ile biyomedikal uygulamaların gerektirdiği işlevselliği bir araya getiren yapılar olarak değerlendirilmektedir. Farklı tasarım ve üretim seçenekleri sayesinde medikal ürünlerin çeşitlendirilmesi ve kişiselleştirilmiş tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesi için potansiyel sunmaktadır.

GPCR Hedefli Peptid İlaç Geliştirmede Yeni Yol Haritası: Deneysel, Hesaplamalı ve Yapay Zekâ Yaklaşımları Birleştirildi

GPCR Hedefli Peptid İlaç Geliştirmede Yeni Yol Haritası: Deneysel, Hesaplamalı ve Yapay Zekâ Yaklaşımları Birleştirildi

G proteinleri, hücre dışından gelen sinyallerin hücre içine iletilmesini sağlayan, alfa (α), beta (β) ve gama (γ) olmak üzere üç alt birimden oluşan özel protein kompleksleri olarak tanımlanmaktadır. Hücre yüzeyinde bulunan GPCR (G proteinine bağlı reseptörler) aracılığıyla dış ortamdan gelen sinyaller algılanmakta ve G proteinleri üzerinden hücre içine iletilmektedir. G proteinine GTP molekülünün bağlanmasıyla başlayan süreçte, Gα alt birimi ile Gβγ kompleksi birbirinden ayrılarak farklı hücresel sinyal yolları aktive edilmektedir. Görev tamamlandıktan sonra G proteini eski hâline döndürülerek tekrar tekrar kullanılabilir hâle gelir; arrestin proteini ise gerektiğinde reseptörün duyarsızlaşmasını (desensitizasyon) sağlayarak bu sinyal iletimini sınırlamaktadır. Bu noktada ilaçların etki mekanizmasında önemli bir yere sahip olan GPCR’lar, ilacın hedefe ulaşmasında potansiyel bir ilk durak olarak kabul edilmektedir. Bu nedenle bilim insanları tarafından uzun süredir bu reseptörleri hedef alan çalışmalar yürütülmektedir. 

İlaç geliştirmede sıkça kullanılan küçük moleküller, reseptörün yalnızca dar bir bağlanma bölgesiyle temas kurabilmektedir edebilmektedir. GPCR’ların sınırlı bir bölgesine erişebilen bu moleküller, potansiyel ilaç adayları olarak değerlendirilse de, seçiciliklerinin yetersiz olması nedeniyle yan etkilere yol açabilmektedir. Bu nedenle bilim insanlarının alternatif bir yaklaşım olarak peptidlere yöneldiği görülmektedir. Bu kapsamda peptidler, daha büyük yapıları sayesinde reseptörlerle daha geniş bir etkileşim kurabilen moleküller olarak tanımlanmaktadır. Günümüzde yeni peptid keşifleri için farklı laboratuvarlarda çeşitli yöntemler kullanılmaktadır. Ancak kullanılan parametrelere net sınırlar getirilememesi nedeniyle ortak bir standart oluşturulması zorlaşmaktadır. Bununla birlikte peptidlerin de bazı kritik zayıf yönleri bulunmaktadır. İlaç geliştirme açısından önemli bir potansiyele sahip olsalar da ağızdan alınamamaları, vücutta enzimatik olarak hızla parçalanmaları ve büyük yapıları nedeniyle çalışmaların önünde önemli kısıtlamalar bulunmaktadır.

Yapay zekâ destekli yapısal modelleme yöntemlerinde (AlphaFold, AlphaFold-Multimer vb.) peptidlerin reseptörlere bağlanma afinitesinin belirlenmesi ve kısa, düzensiz peptidlerin modellenmesi konusunda bazı sınırlılıklar bulunmaktadır. Hermes ve çalışma arkadaşları tarafından gerçekleştirilen bu derlemede, peptid–GPCR etkileşimlerinin keşfinde kullanılan deneysel yöntemlerin, hesaplamalı yaklaşımların ve yapay zekâ destekli araçların ortak bir çatı altında değerlendirilerek yeni peptid ilaç adaylarının geliştirilmesine yönelik bütüncül bir yol haritasının sunulması amaçlanmaktadır. Sunulan yol haritasının oluşturulabilmesi amacıyla doğal peptid keşfi, yüksek verimli tarama, yapay zekâ destekli yapı tahmini (AlphaFold, RFdiffusion ve ProteinMPNN), moleküler dinamik simülasyonları ile deneysel doğrulama yöntemleri (BRET, TR-FRET ve LC-MS) çeşitli kriterler açısından karşılaştırmalı olarak değerlendirilmiş; her bir yöntemin güçlü ve zayıf yönleri ortaya konulmuştur.

Bu derleme sonucunda, peptid–GPCR etkileşimlerinin keşfinde kullanılan yöntemlerin farklı açılardan değerlendirilmesi ve bu yöntemlerin birbirini tamamlayacak şekilde ele alınmasıyla, gelecekte yürütülecek peptid temelli ilaç geliştirme çalışmalarına rehberlik edebilecek kapsamlı bir çerçevenin ortaya konulduğu görülmektedir. Ayrıca, her yöntemin güçlü ve zayıf yönlerinin sistematik olarak ortaya konulmasıyla araştırmacıların çalışma amaçlarına en uygun yaklaşımın belirlenmesine ve ilaç geliştirme süreçlerinin hızlandırılmasına katkı sağlanabileceği değerlendirilmektedir. 

Yazar: Sudenaz Şimşek

Editör: Özsu Deniz BALKAYA

Referans: Hermes, J., Matic, M., Yeung, H. Y., Jiang, Q., Urvas, L., Korchevaya, E., Stepniewski, T., Murza, A., Selent, J., Freissmuth, M., Heinis, C., Boudreault, P.-L., Carlsson, J., Che, T., Safavi-Hemami, H., Hauser, A. S., & Gruber, C. W. (2026). Peptide ligand discovery of G protein-coupled receptors. Nature Reviews Methods Primers, 6, Article 52. https://doi.org/10.1038/s43586-026-00503-5

 -Bioinforange Bilimsel Haber Servisi-

Haber Yazıları, 20> Etki Faktörlü Q1 dergilerinde yayınlanan (listesi için tıklayınız)

bilimsel araştırmaların ekip arkadaşlarımız tarafından incelenip derlenmesi ile hazırlanmaktadır.

Düşük Maliyetli Lösemi Tespiti: 150 Dolarlık Yapay Zekâ Destekli Mikroskop Geliştirildi

Düşük Maliyetli Lösemi Tespiti: 150 Dolarlık Yapay Zekâ Destekli Mikroskop Geliştirildi

**Akut miyeloid lösemi (AML),** hematopoietik kök hücrelerden gelişen ve lösemiye bağlı küresel ölümlerin yaklaşık %28’inden sorumlu olan bir hematolojik malignitedir. Tanısal değerlendirmede kemik iliği veya periferik kandaki lösemik blastların belirlenmesi önemli bir aşama oluşturmakta ve geleneksel yaklaşımda patolog veya hematologların ışık mikroskobu altında yaklaşık 200–500 hücreyi manuel olarak değerlendirmesini gerektirmektedir. Bu süreç zaman alıcı ve emek yoğun olmasının yanı sıra değerlendirmeyi gerçekleştiren uzmanın deneyimine bağlı değişkenlik gösterebilmektedir. Özellikle uzman hematopatologlara erişimin sınırlı olduğu kaynakları kısıtlı bölgelerde, bu durum hematolojik malignitelerin değerlendirilmesinde önemli bir darboğaz oluşturmaktadır.
Kemik iliği yaymalarının yapay zekâ ile analizine yönelik derin öğrenme çalışmaları ilerleme sağlamış olsa da mevcut yaklaşımların önemli bir bölümü yüksek maliyetli **whole-slide imaging (WSI; tüm lam görüntüleme)** sistemlerine dayanmaktadır. Ticari tüm lam tarayıcılarının yaklaşık 300.000 ABD dolarına ulaşabilen maliyeti, bu teknolojilerin kaynakları kısıtlı ortamlarda erişilebilirliğini sınırlandırmaktadır. Araştırmacılar bu probleme yönelik olarak, geleneksel mikroskopları otomatik görüntüleme sistemlerine dönüştüren ve yapay zekâ ile kemik iliği yaymalarındaki blast hücrelerini değerlendiren **ALLocate (Acute Leukemia Locate)** sistemini geliştirmiştir. Çalışmanın amacı, pahalı WSI altyapısına ihtiyaç duymadan uygun kemik iliği bölgelerini belirlemek, blast hücrelerini tespit etmek ve elde edilen sonuçlardan lam düzeyinde AML değerlendirmesi gerçekleştirmektir.
ALLocate, 3D baskılı mekanik bileşenlerle otomatikleştirilmiş bir mikroskop tarama sistemi ile iki derin öğrenme modelini birleştirmektedir. Mikroskobun X ve Y eksenlerindeki hareketi iki step motoru, Arduino Mega 2560 mikrodenetleyicisi ve özel tasarlanmış 3B baskılı bağlantılar aracılığıyla otomatikleştirilmiştir. Sistem yaymayı raster tarama düzeninde görüntüledikten sonra görüntüleri daha küçük bölgelere ayırmaktadır. İlk aşamada CNN tabanlı bölge sınıflandırıcısı, görüntüleri **uygun bölge, kan bölgesi ve pıhtı bölgesi** olarak sınıflandırarak hücre analizi için kullanılabilecek alanları belirlemektedir. Ardından **YOLOv8 tabanlı nesne tespit modeli**, seçilen bölgelerde normal ve blast hücrelerini tespit edip sınıflandırmaktadır. Model geliştirme ve değerlendirme sürecinde 11.000’den fazla bölge ile 130.000’den fazla anotasyonlu hücre kullanılmış; sistem UCSF (University of California, San Francisco) verileriyle geliştirilmiş ve bağımsız MSKCC (Memorial Sloan Kettering Cancer Center) kohortlarıyla doğrulanmıştır.
Bölge sınıflandırıcısı; uygun, kan ve pıhtı bölgelerini ayırt etmede sırasıyla 0,992, 0,998 ve 0,997 AUC değerlerine ulaşmıştır. Blast hücrelerinin tespitinde kullanılan YOLOv8 modeli ise normal hücrelerde yaklaşık %87 kesinlik (precision), %86 duyarlılık (recall) ve %93 mAP50; blast hücrelerinde ise yaklaşık %81 kesinlik, %83 duyarlılık ve %86 mAP50 elde etmiştir.  Bağımsız MSKCC kohortundaki 99 normal ve 87 AML bölgesinin değerlendirilmesinde ALLocate’ın bölge düzeyindeki AUC değeri 0,9012 olarak belirlenirken patolog değerlendirmesinde bu değer 0,9359 olmuştur. Tüm lam düzeyindeki değerlendirmede 20 normal ve 20 AML preparatından oluşan dış doğrulama kohortunda blast oranları normal örneklerde ortalama %2,0, AML örneklerinde ise %44,3 olarak belirlenmiştir. Fiziksel cam preparatlar üzerinde gerçekleştirilen uçtan uca değerlendirmede ise UCSF kohortunda 18 AML örneğinin 17’si ve 18 normal örneğin tamamı doğru sınıflandırılarak **%97 doğruluk** elde edilmiştir. Bağımsız MSKCC kohortunda 56 AML örneğinin 53’ü ve 73 normal örneğin 58’i doğru sınıflandırılmış, toplam doğruluk **%86** olarak bulunmuştur. Ayrıca ALLocate’ın blast sayımları ile patologların manuel değerlendirmeleri arasında güçlü korelasyon gözlenmiştir.
Araştırmacılar, ALLocate’ın özellikle yüksek maliyetli görüntüleme altyapısının bulunmadığı ortamlarda kemik iliği yaymalarının hızlı biçimde taranmasına katkı sağlayabilecek bir sistem olduğunu belirtmektedir. Sistemin toplam donanım maliyetinin, kullanılan mikroskop hariç, yaklaşık **150 ABD doları** olması ve yapay zekâ modellerinin CPU üzerinde de çalışabilmesi bu yaklaşımın düşük maliyetli otomatik mikroskopi açısından potansiyelini desteklemektedir. Bununla birlikte sistemde henüz otomatik Z ekseni odaklama (autofocus) ve entegre bir grafik kullanıcı arayüzü bulunmamakta, fiziksel preparatlarla yapılan doğrulamanın daha büyük ve çok merkezli çalışmalarla genişletilmesine ihtiyaç duyulmaktadır. Araştırmacılar ayrıca özellikle reaktif kemik iliğinde belirgin nükleollere sahip olgunlaşmamış granülositlerin zaman zaman blast hücreleriyle karıştırılabildiğini bildirmektedir. Bu nedenle ALLocate, bağımsız bir tanı aracından ziyade blast açısından şüpheli bölgelerin hızlı biçimde belirlenmesini ve uzman incelemesine yönlendirilmesini destekleyen yardımcı bir tarama sistemi olarak tasarlanmıştır.
\*\*Yazar\:Hazel Birgül \*\*
**Editör: Asmin Petekbaşı**
**Referans:** Yan, E. S., Sun, S., Yin, Z., Kamali, A., Van Cleave, J., Isgor, I. S., Fried, B., Colorado-Jimenez, C., Dilip, D., Baik, J., Manzo, A., Paulsen, S., Singi, S., Drapeau, S., Eren, O. C., Chun, J. K., Syed, A., Cardillo, A., Pulitzer, M., … Goldgof, G. M. (2026). An AI-powered self-driving microscope for low-cost acute leukemia detection. *Nature Communications*. [https://doi.org/10.1038/s41467-026-77130-x ](https://doi.org/10.1038/s41467-026-77130-x )

Bioinforange İçerikleri

Bioinforange Platformunda Paylaşılan Tüm İçeriklerin Kategorilerine Buradan Ulaşabilirsiniz.

Bioinfolab

Bioinfotools

Bioinfomation

Bioinfocodes

Bioinfoclips

Bioinfonews

Bioinforeviews

Bioinfocourse

Bioinfominds

Bioinfocast

Bioinfoguide

Bioinfocord

Bioinforum

Tüm İçerikler