Bu videoda, uygulamalı olarak optimize PCR primelerinin nasıl tasarlandığı anlatılmıştır.
Restriksiyon enzimi içeren primerlere baz eklenmesi
Bioinforange platformu kurucusu.
Doktora öğrencisi, Sabancı Üniversitesi – SUNUM.
Biyoteknoloji, Gen Mühendisliği, Biyoinformatik.
Çok faydalı ve bilgilendirici bir video olmuş çok teşekkür ederim.
Çok çok güzel bir ailesiniz. Yaptığınız çalışmalar emekler hepsi çok güzel. Hepinizi ayrı ayrı çok seviyorum.
Tm sıcaklığı PCR’da kullanılacak Sıcaklık ile aynı sıcaklık değildir. Primer3 ve Snapgene farklı hesaplama yöntemleri kullanıyor, Snapgene için Eğer Taq polimeraz kullanılıyorsa Tm sıcaklığının yaklaşı 5-6 derece altı PCR için öneriliyor. Yeni nesil DNA bağlanma bölgesi içeren Phusion ve ya Q5 gibi polimerazlar kullanılıyorsa 6-12 derece üzeri öneriliyor. Bu arada Snapgene programının simülasyon olarak PCR sekmesinden bölgeyi seçersen primerleri kendisi otomatik olarak oluşturuyor ve daha stabil olduğu kanısındayım. GC oranı %50-55 olması ideal daha yüksek olursa non spesifik bağlanmalar artar, yani ne kadar yüksek o kadar iyi şeklinde bir durum yok. Teşekkürler İyi çalışmalar.