Unipro UGENE, biyoenformatikte yeterli uzmanlığa sahip olmayan bilim insanları için verileri yönetme, analiz etme ve görselleştirme konusunda yardımcı olmayı amaçlayan çok platformlu bir açık kaynaklı yazılımdır . UGENE yaygın olarak kullanılan biyoenformatik araçlarını ortak bir kullanıcı arayüzü içinde bütünleştirmektedir. Araç seti, çoklu biyolojik veri formatlarını desteklemekte ve uzak veri kaynaklarından verilerin alınmasına izin vermektedir. Açıklamalı genom dizileri, NGS, assembly data, çoklu dizi hizalamaları, filogenetik ağaçlar ve 3- Boyutlu (3B) yapılar gibi biyolojik nesneler için görselleştirme modülleri sağlamaktadır. UGENE, yerel kaynaklarda veya yüksek performanslı bilgi işlem (high performance computing, HPC) ortamında başlatılabilen, yeniden kullanılabilir iş akışları oluşturmak için görsel bir ortam içermektedir. Ek olarak; harita okumak (reading maps) sıralamak için çeşitli araçları entegre etmektedir ve birçok veriyi bir model ile tek bir grafik arayüzünde birleştirmektedir.Farklı türlerde görselleştirme ve veri işleme amacıyla tasarlanmıştır. UGENE şu anda 20‘den daha fazla popüler biyolojik veri formatında okuma ve yazmayı desteklemektedir. Bunlar arasında FASTA , GenBank, Clustal, SAM/BAM bulunmaktadır. Yerel dosyalar ile çalışabilme kapasitesine ve NCBI, GenBank, Uniprot ve PDB dâhil olmak üzere önemli biyolojik çevrim içi veri tabanlarından verilere erişme yeteneğine sahiptir. UGENE geniş hesaplama yöntemleri kitaplığı içermektedir. Bu kitaplıkta bulunan entegre araçlar ve algoritmalar ile kalıp arama (pattern search), yerel dizi hizalama, çoklu dizi hizalama ve primer tasarımı gibi sorunlara çözüm kaynağı olmaktadır.
Unipro UGENE: 3 Boyutlu Biyolojik Yapı Görselleştirme Aracı
tarafından Ümmühan Şaş | Şub 27, 2023 | Veri Bilimi, BIOINFOREVIEWS, Biyoinformatik, Veri Tabanları | 1 Yorum
Biyoinformatik’e olan ilgim dersimle başlamıştı ve birçok veri tabanı öğrenmiştim. Unipro hakkında bu kadar kapsamlı bilgiyi Türkçe kaynakta bulmak beni çok mutlu etti. Emeği geçen herkesi kutlarım. Ümmühan Şaş çabanıza sağlık. Keyifle okudum.