Crohn hastalığı, gastrointestinal sistemde tekrarlayan iltihaplanma dönemleriyle karakterize kronik bir inflamatuvar bağırsak hastalığıdır. Hastalığın klinik seyri, yerleşim bölgesi ve tedaviye verdiği yanıt hastalar arasında önemli farklılıklar göstermektedir. Son yıllarda bağışıklık sistemi ve bağırsak dokusu arasındaki etkileşimlerin Crohn hastalığının gelişiminde önemli rol oynadığı anlaşılmış olsa da, hastalığın farklı hücre tipleri düzeyindeki moleküler mekanizmaları tam olarak açıklanamamıştır. Tek hücreli RNA dizileme teknolojileri (scRNA-seq), karmaşık dokulardaki hücresel çeşitliliğin ayrıntılı olarak incelenmesine olanak sağlamaktadır.
Bu çalışmada araştırmacılar, Crohn hastalığının moleküler temelini daha ayrıntılı biçimde ortaya koymayı amaçlamıştır. Bu doğrultuda terminal ileumdan (ince bağırsağın son bölümü) elde edilen biyopsiler kullanılarak Crohn hastalığıyla ilişkili hücre tipleri, genler ve biyolojik yolaklar belirlenmeye çalışılmıştır. Araştırmanın temel hedefi, hastalıkla ilişkili hücresel değişimleri güvenilir biçimde tanımlayabilecek geniş ölçekli bir referans kaynak oluşturmak ve Crohn hastalığının patogenezinde görev alan hücresel mekanizmaları ortaya koymaktır.
Araştırmacılar bu amaçla “IBDverse” adı verilen geniş kapsamlı bir veri seti oluşturmuştur. Çalışmada 111 Crohn hastasından ve 232 sağlıklı kontrolden elde edilen toplam 343 terminal ileum biyopsisi analiz edilmiş, 1,1 milyondan fazla hücrenin scRNA-seq verisi elde edilmiştir. Örnekler keşif ve doğrulama kohortlarına ayrılarak sonuçların tekrarlanabilirliği değerlendirilmiştir. Hücre tipleri sınıflandırılmış, diferansiyel gen ifade analizleri gerçekleştirilmiş, gen seti zenginleştirme analizleri uygulanmış ve elde edilen veriler Crohn hastalığıyla ilişkili genetik yatkınlık verileriyle bütünleştirilmiştir.
Analizler, Crohn hastalığında bağırsak epitelinde yaygın interferon (IFN; bağışıklık yanıtında görev alan sinyal molekülleri) ilişkili değişiklikler bulunduğunu göstermiştir. Araştırmacılar, MHC-I ile ilişkili interferon yanıtlarının görünür iltihaplanma düzeldikten sonra bile progenitör hücrelerde devam ettiğini belirlemiştir.Bunun yanında ITGA4+ makrofajlar olarak tanımlanan özgün bir bağışıklık hücresi grubunun iltihaplı dokuda belirgin şekilde arttığı saptanmıştır. Bu hücrelerde JAK–STAT sinyalizasyonu (hücre içi sinyal iletim yolu) ile IL-6, IL-12 ve IL-23 gibi sitokinlerin yüksek düzeyde ifade edildiği gösterilmiştir. Kalıtılabilirlik analizleri ayrıca S100A8/9+ monositler, CXCL9/10+ makrofajlar ve diğer miyeloid hücre popülasyonlarının Crohn hastalığına genetik yatkınlıkla ilişkili olduğunu ortaya koymuştur.
Araştırmacılara göre çalışma, Crohn hastalığının hücresel mimarisini yüksek çözünürlükte ortaya koyan en kapsamlı terminal ileum tek hücre atlaslarından birini sunmaktadır. Elde edilen veriler, hastalıkla ilişkili hücre tiplerinin, sinyal yolaklarının ve genetik risk mekanizmalarının daha ayrıntılı anlaşılmasına katkı sağlamaktadır. Çalışma aynı zamanda Crohn hastalığının biyolojik temelini inceleyen gelecekteki araştırmalar için kapsamlı bir referans kaynak oluşturmakta ve hastalıkla ilişkili hücresel hedeflerin değerlendirilmesine olanak tanımaktadır.
Yazar: Damla ÖZDEMİR
Editör: Hazel BİRGÜL
Referans: Krzak, M., Alegbe, T., Taylor, D. L., Jones, G.-R., Ghouraba, M., Strickland, M., Harris, B. T., Satti, R., Arestang, K., Ramirez-Navarro, L., Nishad, N., Cheam, K. A. X., Tutert, M., Ozols, M., Noell, G., Leonard, S., Przybilla, M. J., Ramirez Suastegui, C., Khabirova, E., … Anderson, C. A. (2026). Single-cell RNA sequencing of terminal ileal biopsies identifies signatures of Crohn’s disease pathogenesis. Nature Genetics. Advance online publication. https://doi.org/10.1038/s41588-026-02634-7
-Bioinforange Bilimsel Haber Servisi-
Haber Yazıları, 20> Etki Faktörlü Q1 dergilerinde yayınlanan (listesi için tıklayınız)
bilimsel araştırmaların ekip arkadaşlarımız tarafından incelenip derlenmesi ile hazırlanmaktadır.
