2011 yılında yayımlanan Sumatra orangutanı (Pongo abelii) ile ilgili ilk referans genom, rastgele 10 örneğin (beş Sumatra ve beş Bornean, P. pygmaeus) Illumina kısa okuması ile Orang-utan Genom Konsorsiyumu tarafından dizilenmiştir. 297 Gb’lik bu veri seti ile birlikte Orang-utan el yazmaları, tüm büyük maymun çalışmaları dahil olmak üzere birçok karşılaştırmalı çalışmada 500’den fazla kez referans olarak kullanılmıştır.
Banes ve arkadaşları, çalışmaları esnasında NCBI Dizi Okuma Arşivi’nde saklanan veri seti ve eşlik eden meta veriler ile el yazmaları arasındaki tutarsızlıkları fark ederek nedenlerini araştırmıştır. İlk olarak referans genom için kullanılan 10 örneğin tam genomunun dizileme okumaları ile daha önce yayımlanmış 27 türdeş örnekten elde edilen dişi orangutan referans genomunu (ponAbe3) yeniden dizileyip eşleyerek haritalandırılmıştır. Araştırmacılar, eşleştirme için yakın zamanda tanımladıkları bir orangutan Y kromozomu düzeneğini kullanmıştır. Samtools 1.14‘deki idxtools işlevi ile dizi okumalarının X ve Y kromozomlarına karşı haritalandırıldığı oranları karşılaştırarak cinsiyet analizi gerçekleştirilen çalışmada, iki tur önyüklemeli baz yeniden kalibrasyonunu takiben GATK 4.1.8.0 ile birlikte genotipler çağrılmıştır. Minör alel frekansı (MAF) ≥%5 olmayan 100 bin bialelik otozomal tek nükleotid polimorfizmi (SNP) ve eksik genotipler, PLINK’te budanmış bağlantılı lokuslar ve türdeşler için rapor edilen kaynak verileriyle denetlenen popülasyonlar olarak (K=3, küme sayısı 3) atanmıştır. Referans genom için dizilendiği belirtilen 10 rastgele örneğin 7’sinin birinci, ikinci ve üçüncü derece akrabaları olduğu tespit edilen 8 orangutanın genomu Illumina iScan Multi-Ethnic Global Array ile analiz edilmiştir. Mikrodizi verilerini değişken çağrılara dönüştürmede prob yan dizilerini ponAbe3 ile eşleme ve ardından filtre parametreleri kullanımıyla bcftoools eklentisi olan gtc2vcf kullanılarak genotipler dışa aktarılmıştır. 37 tam genom yeniden genotiplendirilerek, mikrodizi verileri değiştirilmiş çağrılarla birleştirilmiştir. Her bir örneğin kimlik doğrulaması üçe katlama yöntemi (tri-fold method) ile yapılmıştır. Analizler sonucunda 37 tam genomdaki X:Y soy oranının, referans genom örneklerinin 10’unun 9’unda yanlış atama saptanmıştır. Akrabalık analizleri ise 10 örneğin 7’si için bağlam sağlamıştır. Diğer 3 örneğe yeni kimlikler atanmıştır ve tüm bu veriler NCBI BioSample veri tabanında araştırmacılar tarafından güncellenmiştir.
Sonuç olarak bu çalışma, yeni nesil dizileme teknolojileri için örnek/veri toplama ve saklama aşamalarının uzun vadedeki olumsuz sonuçlarına dikkat çekmektedir. Üretilen verilerin doğruluğu kadar, veri kaynağının sorgulanması gereğini de ön plana çıkarmaktadır.
Yazar: Tuğce Özcan
Editör: İrem Coşkuntan
Referans: Banes, G. L., Fountain, E. D., Karklus, A., Fulton, R. S., Antonacci-Fulton, L., & Nelson, J. O. (2022). Nine out of ten samples were mistakenly switched by The Orang-utan Genome Consortium. Scientific data, 9(1), 1-5. https://doi.org/10.1038/s41597-022-01602-0
-Bioinforange Bilimsel Haber Servisi-
Haber Yazıları, 20> Etki Faktörlü Q1 dergilerinde yayınlanan (listesi için tıklayınız)
bilimsel araştırmaların ekip arkadaşlarımız tarafından incelenip derlenmesi ile hazırlanmaktadır.
Selçuk Üniversitesi – Biyoteknoloji Yüksek Lisans/ Tez Dönemi